2003年，在抗击“非典”、各地经贸会展活动相继取消的特殊时期，第五届海交会如期顺利举办。

2004年，澎湖地区首次组团参展。

2005年，首次组织台湾农产品参展，并实现台湾水果首次“零关税”直航福州。

2006年，一系列惠台先行先试政策在第八届海交会上取得进展：率先扩大台湾农产品准入及“零关税”种类和范围，直航的台湾水果从18种增加到22种；率先恢复启动两岸渔工劳务合作；率先实施台湾居民在大陆申办个体工商户；国家政策性银行首次向在闽台资企业、台商投资区发放开放性贷款。

2007年，第九届海交会上，大陆新公布的11种台湾蔬菜、8种台湾水产品等19种“零关税”台湾农产品首次亮相；台湾台中等六县市首次由地方政府组团参展参会，海交会参展商首次拓展到台湾本岛。