2006年，我国就启动了土壤重金属污染普查，并于2009年完成，但数据一直未公布。参与普查研究的中国科学院生态环境研究中心副研究员黄益宗指出，一些地方开采矿产时，重金属污染到农田，使得农作物和经济作物污染加重，特别是在西南、中部、中南某些省份表现明显。“本次普查的一个表现是，土壤污染面积在扩大。而烟草污染只是其中的一个方面，部分地区稻谷、蔬菜也存在重金属污染的情况。”

浙江大学医学院控烟研究中心主任杨廷忠教授告诉《中国经济周刊》，一些烟草种植区离污染型工厂比较近，不仅“有毒土壤”对烟草造成了致命危害，污水和城市废弃物也使烟草生长雪上加霜，形成了“二次中毒”。尤其是其中的重金属物质，它们主要存在于40厘米以上的土层中，既不易转移也不易被微生物分解，植物吸收是必然结果。

另有研究表明，烟叶中的镉、镍、铅等重金属元素的含量和土壤的PH值成负相关性，土壤越酸，重金属的含量就越多。目前我国大量燃烧含硫煤，酸雨越来越多，土壤也自然受到影响。

根据这一理论，云南烟草怕是成了“出头鸟”。素有“有色金属王国”之称的云南还身兼“烟草大户”的身份，同时，云南的酸雨也一样全国闻名。

红云红河集团技术中心人士在接受《中国经济周刊》采访时言辞谨慎，先是表明云南矿产资源丰富，土壤中含有较多的重金属物质是在所难免；然后再三强调，重金属物质的来源绝非土壤一种，如果烟农不使用烟草企业专门提供的烟叶肥，或者使用违规农药都有可能导致有害物残留。而且，他们早已关注烟草中重金属含量与产区土壤等环境因素的关系，并联合研究机构做了检测和数据收集工作，最后根据调查选择了污染相对较少的地区作为烟草产区。

全国最大的烟叶产区云南省曲靖市烟草专卖局生产管理部部长毛建书也证实说，现在很多烟草企业都选择50公里以内没有工业企业、森林覆盖率较高的地区作为烟草种植区，农药使用上也采取烟草公司的统一指导，确保原材料是“无公害烟叶”。但与此同时，他也坦承，“无公害烟叶”尚未大面积推广。

也有专家怀疑烟草加工环节难逃其咎。比如，烟草在烘烤过程中会因为使用煤炭、木材等含有重金属成分的辅料导致烟焦油、一氧化碳、芳香烃和重金属等有害物质的产生。另外，人为添加香精香料也有可能产生有毒成分。