八届十一中全会后，红卫兵运动迅猛发展。红卫兵运动最初是破除“四旧”(即所谓旧思想、旧文化、旧风俗、旧习惯)，随后发展为抄家、打人、砸物。无数优秀的文化典籍被付之一炬，大量国家文物遭受洗劫，许多知识分子、民主人士和干部遭到批斗。红卫兵运动对社会秩序和民主法制的破坏，引起各地党组织和许多干部群众的不满和抵制。但是，这种不满和抵制当时却被认为是执行了“资产阶级反动路线”。
10月初，党中央转发中央军委关于军队院校进行“文化大革命”的紧急指示，宣布取消由党委领导运动的规定。在“踢开党委闹革命”的口号下，造反狂潮全面扩展到工农业领域。为进一步克服运动的“阻力”，从10月上旬至下旬，召开了以批判“资产阶级反动路线”为主题的中央工作会议。林彪、陈伯达讲话，将党内不同意见升级为路线斗争，极力煽动无政府主义思潮。会后，声势浩大的批判“资产阶级反动路线”的风暴在全国掀起，中央文革小组策动造反派把攻击的矛头集中转向各级党政领导机关。社会上出现“打倒刘少奇”的标语和攻击邓小平的大字报。中央和地方的许多领导干部受到批斗，机关工作普遍陷于瘫痪、半瘫痪状态。党的基层组织的活动和党员的组织生活陷于停顿。国家陷入空前的混乱之中。
1967年1月初，在张春桥、姚文元策划下，上海市的造反派组织夺取了上海市的党政领导大权。这场夺权斗争得到充分肯定。1月中下旬，各地掀起由造反派夺取党和政府各级领导权的“一月革命”风暴。夺权狂潮一经引发便不可收拾，很快发展成“打倒一切”的全面内乱。
“文化大革命”发动后，在党的领导层内，在广大干部群众中，对“左”倾错误和极左思潮不同程度、不同形式的抵制和抗争始终存在，并不断发展。这种抵制和抗争，或表现为对批判、造反持消极态度，在各自的岗位上坚持工作和生产；或表现为对武斗、破坏持抗议立场，对“文化大革命”的错误做法提出严厉批评。1967年在老一辈革命家中爆发的二月抗争就是有代表性的重大事件。在这年1月19日、20日召开的中央军委碰头会上，叶剑英、徐向前、聂荣臻坚决反对江青、康生、陈伯达鼓吹军队应和地方一样搞运动的主张。在激烈的争执中，叶剑英、徐向前义愤填膺，奋起抨击江青等人。2月中旬，在周恩来主持的怀仁堂碰头会上，再次爆发了老一辈革命家和中央文革小组一班人的激烈斗争。谭震林、陈毅、叶剑英、李富春、李先念、徐向前、聂荣臻等老同志，围绕要不要党的领导、要不要广大老干部、要不要稳定军队等“文化大革命”以来的一些根本性问题，拍案而起，接连怒斥江青、陈伯达、康生、张春桥等人乱党乱军的做法。这些老同志的抗争，被江青等人诬为“二月逆流”，受到严厉批判。
全面夺权使派性斗争激化。各造反派组织为争权夺利，拉帮结派，争斗激烈，发生无数的纠纷和冲突，以至酿成残酷的武斗。1967年夏秋，谢富治、王力、江青等人乘机提出“彻底砸烂公、检、法”、“文攻武卫”等口号煽动武斗，北京发生了火烧英国代办处的严重涉外事件。这几个月是“文化大革命”发动以来国家动乱最剧烈、社会灾难最严重的阶段。
为了对混乱状况加以约束，毛泽东号召群众组织实现大联合，正确对待干部，并派人民解放军执行“三支两军”(即支左、支工、支农、军管、军训)任务，派工人毛泽东思想宣传队进驻学校，还批发了多项命令、布告，以制止武斗蔓延，维护社会秩序，保护国家财产。这些措施，虽不能从根本上解决问题，但对制止局势恶化还是起了一定作用。经过二十个月的社会大动乱和错综复杂的夺权斗争，全国(除台湾省外)29个省、市、自治区先后建立了革命委员会。革委会集党、政大权于一身，实行党政合一、高度集中的领导体制。
1968年10月13日至31日，为党的九大作准备召开的八届扩大的十二中全会举行。在党内生活极不正常的状况下，会议批准了在江青、康生、谢富治把持下炮制的关于刘少奇问题的“审查报告”，给刘少奇加上“叛徒、内奸、工贼”的罪名，宣布“把刘少奇永远开除出党，撤销其党内外的一切职务”。一年后，刘少奇含冤病逝。这是“文化大革命”中最大的一起冤案。
1969年4月1日至24日，党的第九次全国代表大会举行。出席大会的代表1512人。当时，全国有党员2200万人，各省、市、自治区的党委以至基层党组织大都没有恢复或建立，绝大多数党员还没有恢复组织生活。九大从始至终被强烈的个人崇拜气氛所笼罩。林彪代表中央作政治报告，核心内容是阐述“无产阶级专政下继续革命的理论”。报告极力鼓吹这个理论的“伟大贡献”和这场“革命”的丰功伟绩，而对于党应该怎样领导和组织社会主义经济建设和文化建设却根本不予提及。作为“文化大革命”指导思想的“无产阶级专政下继续革命的理论”，完全不符合中国的实际情况。这个理论对我国阶级形势以及党和国家政治状况的估计是完全错误的。大会通过的党章没有关于党员权利的规定，却把林彪“是毛泽东同志的亲密战友和接班人”写入总纲。这种完全违反党的组织原则的做法，在党的历史上从未有过。大会选出新的中央委员会，在中央政治局委员中，林彪、江青帮派中的骨干和亲信占半数以上，第八届中央委员会成员中许多功勋卓著的革命家被排斥在外。九大使“文化大革命”的理论和实践合法化，加强了林彪、江青等人在党中央的地位，因而在思想上、政治上、组织上的指导方针都是错误的。
