根据中科院和广东省签署的合作协议，中国散裂中子源装置将建设在广东省东莞市。中国科学院高能物理研究所将在东莞市设立分部，为中国散裂中子源项目建设暨广东东莞散裂中子源国家实验室的法人单位，中国科学院物理研究所是项目的共建单位。
用户优先的原则，是中国散裂中子源建设的基本指导思想。中子散射用户广泛和深入的参与，是中国散裂中子源建设成功的保证。中国散裂中子源的专家论证、概念研究和前期预研，始终以用户的现实需要为出发点；中科院从2004年以来，先后举办三届散裂中子源用户研讨会，深入探讨中子散射的多学科应用、推广中子散射技术、培养潜在用户，进一步了解我国用户和潜在用户的需求。
根据国内用户调查，中国散裂中子源目前已确定的首批用户，包括中科院下属9个研究所的70多个研究组以及全国22所大学、中国原子能科学研究院等研究机构的30多个研究组。此外，在工程和工业的应用方面，我国凝聚态物理、化学、材料、生物科学、聚合物和软物质、地球科学、机械加工工业、核物理、质子成像和医学应用等领域内的众多科技人员，都是中国散裂中子源的潜在用户。随着后续广东东莞散裂中子源国家实验室的设立，中国散裂中子源将基于其多学科研究中心和广泛的用户群体，跟踪国际中子应用领域最新实验方法和成果，进行自主研发，创新超越，充分利用装置的高性能，为人类科学事业和社会进步做出贡献。
中科院高能物理研究所所长陈和生院士指出，散裂中子源和同步辐射光源等大科学研究装置是国家科技创新体系的要素，以它们为核心形成大型多学科交叉研究基地。欧美日等发达国家都投巨资建设这类大科学研究装置，成为了它们科技创新能力的标志。1984年小平同志高瞻远瞩，决定建造北京正负电子对撞机，不仅使中国的高能物理在世界占有了一席之地，并使北京同步辐射装置成为多学科交叉前沿研究的大型平台，而最重要的贡献是培养了一支专业齐全的高水平的大科学装置建设队伍，获得了大科学装置建设、运行和开放的宝贵经验，为包括中国散裂中子源在内的多项大科学装置建设奠定了基础。
散裂中子源作为大科学工程，其建设需要采用一系列高新技术。工程建设在充分吸取国外散裂中子源建设的技术和经验，广泛开展国际合作的同时，最大限度地在国内开发出项目建设所需高新技术，从而达到既节省项目经费、又提升国内相关产业技术水平的双赢局面。大科学装置的建造过程，也将直接孕育一大批应用技术的发展。
可以预见，中国散裂中子源的建成及运行，将在珠三角地区形成一个国际一流的大型综合科学研究基地，在推动我国相关领域的基础和应用研究发展的同时，将有力地推动珠三角地区的基础科学研究和应用研究、以及相关高技术的发展，培养大批科技人才，辐射到南方各省、全国以及东南亚地区，促进产业升级，产生巨大的社会效益和经济效益。
