马友友为新力古典的专属音乐家，录制过近50张专辑风格不一(曾获13次葛莱美奖)，显示他的音乐兴趣层面之广。除了古典音乐的大提琴曲目，他也录制许多由他首演的新作品及专为他所写的乐曲。此外，他多项跨界的录音如与巴比-麦菲林合作的“天籁”、与麦尔和欧康诺合作的“民歌的马友友-阿帕拉契圆舞曲”、演出皮亚左拉作品的“探戈灵魂”等，皆受到广大听众的喜爱。2000年春将计划发行“阿帕拉契圆舞曲”的续篇“阿帕拉契之旅”。其最新录音发行“繁花似锦巴洛克”，收录重新编曲后的巴哈咏叹调、包凯利尼的协奏曲等，并由库普曼指挥阿姆斯特丹巴洛克管统乐团担任管统乐演奏(马友友的史特拉第瓦里大提琴为巴洛克時代乐器)，另外一张“Solo”则收录柯大宜、大卫-怀德、齐尔品、盛宗亮等人作品，还包括新编曲独奏版的欧康诺“阿帕拉契圆舞曲”，整张专辑以无伴奏演出，做为他另一项“丝路”计划的前奏曲，当中以不同文化的角度，表现漂泊与紮根、创新与传统等不同主题。尽管马友友横跨多种音乐领域，他仍保持古典音乐最畅销音乐家地位，新专辑一发行便立刻打进“告示牌”古典音乐畅销名盘，并能在前15名维持很长一段时间，甚至有四张专辑同时在榜上的記录。