江苏、重庆等地创造性地制定基本药物集中采购以及供货企业诚信度考核评价办法和月监测评价系统，规范供货行为。
实行基本药物制度、取消药品加成后，各地制定具体补偿办法，明确补偿标准，落实各方责任，初步建立起稳定、长效的基层医疗卫生机构补偿机制。
江苏省对经济薄弱地区基层医疗卫生机构按核定的经常性收支差额的1/3给予补助，对村卫生室按每个行政村1万元给予补助。无锡市将政府办基层医疗卫生机构纳入财政预算，全面实施收支两条线管理。据统计，今年无锡市县财政预算共安排经常性收支差额补助资金45亿元，1月~6月累计拨付19.5亿元，拨付比例为43%。
云南省基层医疗卫生机构收支补偿工作按照“一县一策” 制定出台本地补偿办法，落实政府对基层医疗卫生机构的专项补助以及经常性收支差额的补助。截至今年1月底，全省105个县落实了政府办基层医疗卫生机构的专项补助以及经常性收支差额的补助，占81.40%，截至今年5月底，全省共有14个州市、112个县市区出台了基层医疗卫生机构补偿实施意见和办法。具备条件的地区还实行“收支两条线”，确保了补偿资金及时足额到位。
上海市社区卫生服务中心全面实施了收支两条线管理，社区卫生服务中心的正常运行与公益性得到充分保障。财力困难区县所需经费结合市财政下达的一般性转移支付“医疗卫生”大类资金予以统筹安排。四川攀枝花市对各县（区）实施国家基本药物制度的城市社区和乡镇的常住总人口，按每人每年5元的标准安排预算，高于规定标准。
从2011年1月1日起，在“预算管理权不变、资金所有权和使用权不变、财务审批权不变、债权债务关系不变”的前提下，海南省对乡镇卫生院实行市县级财务集中管理。海口市、琼海市正在探索实施基层医疗卫生机构财务收支两条线管理。
一些地方积极探索城乡居民医保一体化管理。目前，海南三亚市城乡居民医保实现了一体化管理。吉林长春市朝阳区和吉林市船营区已经实现了新农合与居民医保的城乡统筹工作，初步构建了基本医疗保障的城乡统筹。
