在罗家伦之后，清华经历了一年多没有校长的“真空时期”，说它“真空”，并非说它真的没有校长，而是后来的两位校长都不被清华师生所接受，先后被驱走，这一年多管理学校的，实际上就是教授会(及教授会所产生的评议会和校务委员会)，直到1931年梅贻琦校长到任。

接替罗家伦当清华校长的，是乔万选。他是由正占领北平的阎锡山派来的。说起乔万选，其实也是个出身正路的学者，他是清华1923年毕业生，美国哥伦比亚大学法学博士，回国后任过东吴大学法学院教授、中央大学法学院副教授等职。当然，他与阎锡山的关系也非同一般，不但是阎的老乡，而且也是他的幕僚。

清华大学的教授们不喜欢乔万选并非是出于对他个人的什么好恶，而是对政治势力干涉校务一向反感。1930年6月25日，乔万选前来上任，竟是带了阎锡山军队数车的士兵前来压阵。而清华的学生们毫不示弱，打起“拒绝乔万选”的大旗，在校门口组织纠察队阻止乔万选进校。乔万选最终知难而退。

事后，清华校务委员会致电阎锡山：学生纯出于爱校热忱，其心无他，而目前校务已由校务委员会维持，不受影响。两天后，清华教授会也发布宣言表态：一、“校长自应由正式政府主持教育之机关产生，若任何机关皆可以一纸命令，任用校长，则学校前途，将不堪设想。二、愿学校行政，亦能走出政潮，独立进行，俾在兵戈扰攘之中，青年尚有一安心求学之处。”

阎锡山再也没敢选派新校长前来清华。

又过了9个月，此时中原大战已经结束半年，蒋介石掌握的国民政府又控制了北平。清华校长的人选问题又摆在面前。

这一次，亲自兼任国民政府教育部长的蒋介石选中国民党中央政治学校副主任吴南轩来做清华校长。吴南轩，复旦大学毕业后，留美10年，回国后担任过河南大学校长等职，也算是学人出身。

但是在清华教授们的眼中，吴南轩并无学术地位，加上他与国民党政府的关系，教授们对他并无好感。4月，吴南轩进校后，他公开宣布他的使命是“为党国培养人才”，专断独行，反对教授治校的制度，很快就与教授会产生尖锐分歧。

5月28日，教授会根据萨本栋、金岳霖、杨武之等15位教授的联名要求，召开临时会议，通过决议，谴责吴南轩“惟务大权独揽，不图发展学术，加以蔑视教授人格，视教授如雇员”，要求教育部“请另简贤能”。第二天，清华学生会也召开全体学生大会，表示坚定支持教授会决议。学生们还整队至校长住宅，请其即时离校。

在清华的一片反对声中，吴南轩带了清华的印信，逃到了市区的东交民巷“遥控办公”，但最终还是没有撑过去，在6月25日离开了北平。

这之后，南京的国民政府也不敢随便派人担任清华校长。

吴南轩走后，南京教育部曾委派翁文灏“暂代校务”，翁以兼职太多一再推辞，教育部又转派理学院院长叶企孙处理校务。在叶企孙按学校规定学术休假去德国后，清华教授会就向南京教育部索取了选举代理院长、代理教务长、秘书长的临时权力，在很罕见的没有校长的一年多时间里，清华大学的教授治校体制就这样合法化并固定下来。