150年后，到了明万历24年（公元1596年），明神宗皇帝朱翊钧派知州孙鹤年到归州任职。孙鹤年一到归州，首先拜谒了清烈公庙，看见年久失修，几近败落的祠宇，“恻然悯焉，思与修之”。当了解到归州“地瘠民贫，财力无力”之后，决定自己省吃俭用，降低州府的财政支出，积累修祠之资。经过一年多的积累，加上秭归乡绅富户的捐资，总算可以开工了。为了使这一年多才攒到的资费能完整地用在维修工程上，孙鹤年请来当地很有名望的长者王一正。王一正见知州这样认真，当然也就十分负责，不敢马虎。施工中基本上是在保持原貌的基础上，见烂修烂。经过三个月的维修，祠宇焕然一新，孙鹤年便将清烈公庙改为“三闾大夫祠”。时逢应天府（南京）巡抚龚文选到云贵川去视察，乘船路过秭归，专程拜谒三闾大夫祠，看见刚刚维修一新的祠宇，高兴之余作了八首五言绝句以缅怀之，其中有一首这样写道：一生抱鲠骨/九死等鸿毛/独恨娥眉妒/汨罗涌怒涛/后来将这八首诗刻上石碑立于祠内。九年后，归州学政胡稳作了一篇《重修三闾大夫祠记》，并勒石供考。上述两块石刻至今仍存于屈原祠内。
在清朝的255年多的时间，曾四度维修屈原祠。清康熙8年（公元1669年），归州知州王景阳拜谒屈原祠时,见祠宇倾圮。不胜慨然以悲”,于是捐资建祠，施工一年后完工，将三闾大夫祠改为“屈公祠”，亲撰《重修屈公祠记》。到了清雍正11年（公元1733年），湖北学政凌如焕第四次到归州，盛赞屈原为“文章鼓吹呼六经，愤世嫉邪，道德炳麟于千古。孤忠为国，何恤杀身成仁？九死殉君，不辞舍生取义。其在三楚，固为第一流人。历乎九州，亦属无双国士。”并捐出一些银两交由归州府负责修缮。历三年才完工。归州拔贡生向治专为此作了一篇《凌学院捐修屈公祠记》以示后人。清乾隆46年（公元1781年），归州知州王沛膏到任后，进行了自清代以来的第三次修缮。适逢湖北学政吴省钦从施南府（今湖北恩施州）视察考试情况后，坐船顺江而下，宿泊归州屈原沱，由王沛膏陪同拜竭了屈原祠，并逗留数日，将修葺一新的屈公祠改为“楚屈左徒庙”。亲自撰著了一篇《修楚屈左徒庙碑记》。第四次维修是在清嘉庆25年（公元1820年），新任归州知州李炘对其进行修缮，屈原塑像“依唐沈亚之外传（即屈原外传）所云：瘦细美髯，长九尺”仿制，其冠裳则按“周上卿大夫之制”配饰。将楚屈左徒庙更名为“楚左徒屈大夫祠”。亲自撰写《重修楚左徒屈大夫祠记》。清代进行的四次修缮，基本上采用了保持原样，见烂补烂，整旧如新的原则。
清末至民国期间的百余年，由于战乱之故，加之日本飞机的轰炸，屈原祠成了进出川江的路人寄宿之所。灾荒、匪患、兵乱，使屈原祠几乎面目全非，秃废不堪的样子。
中华人民共和国成立以后，秭归县地方政府和人民在上级的关怀下，1963年和1965年两次对屈原祠进行了简单维修，但仍保持了原样。二十世纪七十年代，国家要在宜昌南津关修建葛洲坝水利枢纽工程，烟囱废热回收座落在屈原沱的屈原祠与库区人民一样，成了移民户。1977年2月，由国家拨款，地方政府负责，将屈原祠迁建到归州城东3里的向家坪。1982年建成，并更名为“屈原祠”。当年湖北省人民政府将屈原祠定为省级重点文物保护单位。迁建后的屈原祠从占地面积、建筑规模、设施布局都比原来的要大。新祠建好后，更显得宏伟壮观，气势磅礴，锅炉余热回收每年都吸引了大量的中外游客、文人墨客、仁人志士、政界要员前来拜谒参观。
1992年2月，中共中央政治局委员、国务委员李铁映到秭归考察，拜谒了屈原祠。当县领导汇报由于三峡大坝的兴建水晶工艺品，屈原祠又要搬迁的情况后，李铁映风趣的说：“屈原大夫也成了老移民户了。”并要求将来在新县城建一座更好的丝带绣屈原祠。1997年，中共中央政治局委员、国务院副总理吴仪视察秭归时，在屈原祠听取了汇报后说：“这个老移民（屈原）虽然不会向你们提出苛刻要求，但你们一定要把他安排好，三峡工程是世界级工程，屈原是世界名人，秭归要充分利用好这两个世界级的牌子，发展旅游事业，新县城离三峡大坝很近，将来是发展旅游的好地方。
由于受到三峡库区水位的影响，国家对屈原祠、张飞庙、白鹤梁、石宝寨四处古文物建筑的迁建列为计划单列项目。秭归屈原祠的迁建成为湖北省古文物迁建的最大工程项目。在党中央、国务院和省政府的关怀下，秭归县政府初步议定屈原祠的搬迁遵循“原规模、原标准、原功能”的原则思路制定建设规划。
到2004年，义乌信息网组成专家组，会同省文物局、省移民局、秭归县政府进行研究后，决定屈原祠的搬迁工作由省文物局负责设计施工，可行性方案于6月底经省政府组织评审后，呈报国务院。2005年，国务院指示国家“三建委”正式行文，下达迁建计划：总体方案选址在茅坪凤凰山，占地30亩，建筑面积5900平方米，总投资4700万元人民币，由湖北省文物局负责建成后交由地方政府管理。凤凰山的总体规划由秭归县政府负责完成。（经过多次设计，论证，屈原祠的迁建在原来的基础上是档次提高、规模扩大，投资增加。秭归县政府为了配合屈原祠的迁建，已提前在屈原祠山门前的江边，筑起了万余平方米的广场。）建成后的屈原祠将和凤凰山古民居一同形成三峡大坝库首最大的风景区，也将成为秭归县移民迁建工作中的标志性工程。2006年国务院公布：秭归县凤凰山古民居群、屈原祠为第六批国家重点文物保护单位。
