参拜靖国神社问题反伤美日关系
相较于小泉在内政上的成就，他在外交上的表现则争议极大，毁誉参半。小泉任内积极经营同美国的关系，但同其在亚洲的邻国，则因为教科书问题和小泉参拜靖国神社等事件而关系日益恶化，美国的亚洲观察家也纷纷质疑小泉在确保日本作为亚洲龙头国家时，或许不如他在国内领军来得得心应手。
“相较于小泉政府积极参与美国的阿富汗和伊拉克战争，极力推动日本和平宪法的修改，靖国神社问题已经成为小泉的‘政治负遗产’（negative
legacy），”沃格尔说。
格林则认为，“在外交政策上，小泉自上任起便积极加强同美国的同盟关系，美日关系也从不曾如此紧密，这个做法同他的前任完全不同。日本以往的首相往往在同美国交好的同时，也积极拉拢亚洲邻国，而小泉上任后则改变了这一双管齐下的外交‘公式’（formula）。”
格林认为，日本今天同中国和韩国等国的关系恶劣，主要原因并不是因为小泉参拜靖国神社所致，而是日本政府缺乏明确的亚洲外交政策。
身为日本问题专家的格林虽然代表布什政府亚洲政策决策圈的主流意见，但是很多分析家认为靖国神社参拜问题已经成为绑人手脚的议题，让小泉和其继任人进退维谷。辰己由纪就说，她颇担忧媒体过分强调参拜靖国神社的问题，使得这个问题政治化，日本领导人无法做出符合现实的决定。
“其实，日本人民很多也不支持小泉参拜靖国神社的决定，但另一方面，他们也认为小泉应该自动自发地停止参拜，而不是在他国的抗议压力下驻足不前，”辰己由纪说。
即使是格林，也曾在今年5月间出席于东京举行的一场研讨会时说，靖国问题“已经消耗掉日本过去几十年来所累积的国家声誉（goodwill），使日本失去在亚洲的制高点和前进动力，甚至严重到伤害了美国的利益”。
针对以上的发言，格林对《华盛顿观察》周刊说，他并不认为小泉参拜靖国神社伤害到美国的利益，“而是日本同亚洲国家有很深的历史纠葛，日本政府必须提出一套具体的亚洲外交策略，详细定出它同其他亚洲国家的交往方针。目前小泉政府对亚洲的整体战略缺乏关注，这一点不仅伤害到日本在亚洲的利益，也同样伤害到与日本关系紧密的美国在此地区的利益。”